WHO 2000/2004版分类由于需依赖更多的数据，因此显示了同预后更高的相关性，但它包括了良性和非确定肿瘤行为的分类，值得注意的是，看似良性而具较低增殖活性的小肿瘤也可引起转移。WHO 2010 版分类比较简单，较易使用，并且是可重复应用的分类（基于增殖活性），它没有包含良性分类的内容。高Ki-67指数同较差的预后相关，但低Ki-67指数不应被视为良性肿瘤行为的指示标记。对所有的胃肠胰腺神经内分泌肿瘤（GEPNETs）病例进行分析时，即使肿瘤分级较低，也应把潜在的恶性可能纳入考虑。病理报告应包含所有预后参数以及分期。

在世界卫生组织（WHO）2000/2004版的分类法中，胃肠胰腺神经内分泌肿瘤（Gastroenteropancreatic neuroendocrine tumors，GEPNETs）基于肿瘤直径和肿瘤期分为4个组别，即高分化良性内分泌肿瘤（WDETB）、高分化内分泌肿瘤但肿瘤行为不定（WDETUB）、高分化神经内分泌癌（WDEC）和差分化神经内分泌癌（PDEC）。该版本并未得到广泛接受，原因是其基于肿瘤期的分类以及所提到的“肿瘤行为不定”的类别。2010年，欧洲神经内分泌肿瘤（NET）学会提出了依照肿瘤分级和特定部位分期的分类系统（WHO 2010）。基于有丝分裂和增殖细胞核抗原（Ki-67）指数，GEPNETs被分为3个组别：NET G1、NET G2和神经内分泌癌（NEC）G3。研究者使用这两个版本的分类对69例GEPNETs病例进行评估。依据预后指标（直径、有丝分裂、Ki-67 指数、血管浸润、神经浸润、坏死和转移）对两种分类和肿瘤组别进行比较。14例患者经诊断为PDEC（基于WHO2010版）归入NEC G3组。17例经诊断为WDETB、9例为WDETUB、23例为WDEC。各组患者的预后指标均存在显著统计学差异（除坏死、有丝分裂、Ki-67 指数和分级外）。所有的WDETB、89%的WDETUB和87%WDEC病例被归为NET G1。按照WHO2010版，35例患者经评估为NET G1、4例为NET G2。NET G2组中，发生转移和神经浸润更常见，其他预后指标无显著差异。总体来说，WHO 2010版更容易使用，而2000/2004版显示了同预后更高的相关性，但它包括了良性和非确定肿瘤行为的分类（尽管具增殖活性的小肿瘤也可引起转移）。对所有的GEPNETs病例进行分析时，应把潜在的恶性可能纳入考虑。