关于楼主所说的问题，以前我也曾经遇到过。我做的是大鼠脑干的石蜡切片，只就我的经验简单提点意见吧，不知道能否有所帮助。
既然楼主说用第一次病理科常规脱水透明切片完整（我不是病理科的，所以不太清楚病理科的常规脱水透明是大概多长时间），那么，可能可以以此方法进行脱水透明包埋。我只建议在切完片后尽量多烤一段时间切片（烤箱温度视你所用包埋用石蜡的熔点而定，烤箱温度和那个温度差不多或者稍高，烤片至少>24hr）。然后在做免疫组化之前在60℃左右烤片半小时，这样可以让蜡熔解，使切片和玻片贴的更牢靠。
楼主可以试试看，我这么做的，感觉好了很多。
